Jan Konvalinka, prorektor pro vědeckou činnost UK se zabývá úlohou proteas v regulaci biologických procesů a studiem medicinálně zajímavých enzymů. Soustředil se zejména na výzkum proteinů viru HIV, zejména virové proteázy, která je zodpovědná za dozrávání a šíření viru, a dále na výzkum neuropeptidas a nádorových antigenů prostaty. Je autorem více než 90 původních vědeckých prací v mezinárodních časopisech. Za svou vědeckou činnost získal řadu ocenění. Je členem Učené společnosti České republiky.